Бросок кобры

XVII век, разгар англо-французской войны. Французская инквизиция ловит беглого шотландского оружейника Джеймса Маккаллена I, так как он, несмотря на лояльность французской короне, продавал оружие и британцам. На дознании Джеймс заявляет, что его род будет продолжать торговать оружием между крупнейшими государствами Земли, до тех пор, пока это не приведёт династию Маккалленов к мировому господству. Инквизиция приводит в действие приговор, надевая на Джеймса раскалённую железную маску.

Наше время. Джеймс Маккаллен XXIV (Кристофер Экклстон), потомок Маккаллена I и владелец оружейной корпорации «Mars Industries», на собрании НАТО демонстрирует новое оружие массового поражения — наномитные боеголовки, заправленные физраствором с мириадами наномитов (микроскопических роботов), способных разложить любой материал, содержащий металл. Так как это оружие было разработано на спонсорские деньги по заказу НАТО, Маккаллен официально обязуется передать их своим нанимателям.

На фабрике по производству оружия в Кыргызстане наномитные боеголовки передают отряду морской пехоты под командованием Конрада «Дьюка» Хаузера (Ченнинг Татум) и Уоллеса «Рипкорд» Вимса (Марлон Уэйанс), которые должны доставить их в условную точку для передачи. По дороге Рипкорд говорит Дьюку, что это задание станет для него последним, так как он уже подал запрос на перевод в ВВС, но Дьюк не воспринимает слова друга всерьёз.

По прибытии к месту назначения отряд попадает в засаду неизвестного противника, вооружённого по последнему слову техники. Отряд нападавших возглавляет наёмница по прозвищу «Баронесса», в которой Дьюк узнаёт свою прежнюю возлюбленную — Анну Льюис. В ходе атаки почти весь отряд, кроме Дьюка и Рипкорда, гибнет, но на помощь к ним поспевает ещё неизвестный отряд, которые убивают всех нападавших, кроме Баронессы, и не дают им похитить боеголовки. Баронесса вынуждена отступить с пустыми руками, а прибывшие «спасители» требуют морпехов передать боеголовки им. Дьюк и Рипкорд отказываются, мотивируя это тем, что они подписались защищать это оружие до конца. Не желая распалять конфликт, отряд знакомит их со своим лидером — генерал Клейтоном Абернати, который, как оказалось, знаком с Дьюком: он приглашал его в свой отряд 4 года назад, но Дьюк тогда отказался. Генерал предлагает морпехам транспорт до своего штаба, где боеголовки будут в безопасности. Нехотя, Дьюк соглашается.

Как оказалось, генерал Хок и его бойцы, представившиеся как отряд G.I. Joe, были сформированы как международное элитное военно-технологическое подразделение под негласным руководством НАТО, и их штаб — «Берлога» — находится в Египте. По пути туда Дьюк и Рипкорд знакомятся с некоторыми его членами — молчаливым ниндзя Снейк Айзом (Рэй Парк), афро-британским строевым инструктором Хэви Дюти (Адевале Акиннуойе-Агбадже), марокканским хакером Брейкером (Саид Тагмауи) и Скарлет (Рэйчел Николс) — дочерью одного из основателей отряда. Прибыв на базу, Дьюк передаёт боеголовки генералу. Тот связывается с Маккалленом и сообщает, что, несмотря на нападение, боеголовки уцелели и находятся в безопасности. Однако Дьюк упрекает Маккаллена в утечке информации, из-за которой погиб его прежний отряд.

Как оказалось, Маккаллен изначально собирался использовать боеголовки в личных целях, из-за чего подстроил нападение на конвой. Прибывшую с отчётом Баронессу он упрекает в неудаче, но вскоре прощает её, давая ей шанс вернуть боеголовки: хитростью он заставил генерала выдать их местонахождение. Маккаллен велит Баронессе, а также двум другим своим сподручным — опальному синоби Стормшэдоу (Ли Бён Хон) и шпиону Зартану (Арнольд Вослу) готовиться к операции. Прибыв на подводную базу «Mars Industries», Маккаллен встречается со своим главным учёным, известным просто как «Доктор» (Джозеф Гордон-Левитт), который демонстрирует ему результаты своих экспериментов — «неогадюк», людей после введения им в кровь огромного количества наномитов. Маккаллен приказывает Доктору передать этих суперсолдат в распоряжение своих агентов.

Воспользовавшись уловкой Дьюка, он вместе с Рипкордом на первоначальной основе попадает в отряд G.I. Joe, где они оба проходят огневую подготовку. Через какое-то время на «Берлогу» нападают Баронесса, Стормшэдоу и Зартан в сопровождении взвода неогадюк. Многие бойцы G.I. Joe погибают в ходе атаки, генерал Хоук тяжело ранен, а подручные Маккаллена, несмотря на убийство всех неогадюк, сумели похитить боеголовки.

После нападения Брейкер смог вычислить альтер эго Баронессы: как оказалось, она теперь живёт под именем Анастасия Декобрэй, и она — жена Адама Декобрэй, французского метафизика, работающего с ускорителем частиц. Отряд понимает, что всё это время боеголовки пытался похитить Маккаллен, и теперь он хочет использовать ускоритель супруга Баронессы для предактивации боеголовок: в таком случае они станут опасны для окружающих при детонации. Команда G.I. Joe вылетает в Париж.

Баронесса и Стормшэдоу добираются до лаборатории первыми и угрозами заставляют зарядить все боеголовки. На выходе из лаборатории на них нападают подоспевшая команда G.I. Joe. Завязывается погоня через весь город, в ходе которой автомобиль Баронессы переворачивается, но она и Стормшэдоу выживают. Брейкер сообщает преследующим их Дьюку и Рипкорду, что те, скорей всего, хотят ударить одной из ракет по Эйфелевой башне — тогда будет запущена реакция, которая может уничтожить весь город. Дьюк преследует Баронессу, у которой при себе кейс с остальными боеголовками и устройство их деактивации. Рипкорд преследует Стормшэдоу, у которого при себе лишь одна ракета, но уже готовая к запуску. Однако Рип не успевает поймать его — Стормшэдоу выстрелил по башне. Прежде чем наномиты охватили бы весь город, Дьюк в отчаянной попытке забирается на борт С. В. В. П., прибывшего за Баронессой, и устройством самоликвидации отключает наномитов, однако, его самого берут в плен, а Эйфелева башня обрушивается, вызывая множество жертв. Стормшэдоу сбегает, а Брэйкер, используя труп одного из его сподручных, выясняет, что тайная база Маккаллена находится под арктическими льдами. После этого его, Рипкорда, Скарлет и Хэви Дьюти арестовывает французский спецназ по обвинению в терроризме, но генерал Хок забирает их, при условии что никто и никогда из их отряда не вернутся во Францию. Генерал приказывает команде вернуться на базу, но не упоминает каким именно путём, иными словами давая добро на спецоперацию.

Прибыв в Арктику, Дьюк неудачно пытается сбежать вместе с оставшимися боеголовками, но это была лишь уловка — он смог вновь включить следящий маяк кейса. Маккаллен даёт своим подчинённым команду готовить боеголовки к запуску в баллистических ракетах для удара по Пекину, Москве и Вашингтону, а Дьюка отдаёт Доктору на опыты. В разговоре с ним, Дьюк понимает, что Доктор — это на самом деле Рекс, брат Анны, который из-за ошибки Дьюка якобы погиб 4 года назад в Африке. Рекс рассказывает Дьюку, что в том бункере, куда он его отправил, он встретил доктора Майндбендера, который тестировал нанитов на людях. Рекс пережил авиаудар по тому бункеру, хотя и был изуродован взрывом и вынужден носить респиратор. Попав на службу к Маккаллену, Рекс похитил Анну и с помощью нанитов промыл ей мозги: всё это время она была под его контролем и осознавала, что делает, хотя и была вынуждена подчиняться заданной программе.

Тем временем G.I. Joe начинают атаку на арктическую базу «Mars Industries»: пока весь личный состав под командованием Хэви Дьюти, пилотируя мини-субмарины, нападает на флот Маккаллена, Снейкайз, Скарлетт, Брейкер и Рипкорд штурмуют поверхностный вход на базу. Во время старта ракет, Снэйк успевает сбить ту, что направлена на Пекин. Рипкорд бросается в погоню за остальными ракетами, угнав «Night Raven» — экспериментальный истребитель-перехватчик.

Преодолев гипноз, Анна приходит в себя и спасает Дьюка от Рекса, но тот успевает с помощью пульта «отключить» сестру. В операционную врывается сам Маккаллен и пытается убить Дьюка газовой горелкой, но тот отражает поток пламени на самого Маккаллена с помощью пистолета Анны. Рекс бросает пульт и спасается бегством, прихватив с собой изувеченного Маккаллена. Дьюк приводит Анну в чувства, и они оба преследуют Рекса.

Атака подводных частей G.I. Joe осложняется из-за импульсной пушки, приведённой в действие защитниками базы. Снэйк Айз прорывается в башню управления пушкой и выводит её из строя, но на него самого нападает Стормшэдоу, с которым у Снэйка идёт давняя вражда. Оба синоби сражаются в орудийной шахте, до тех пор, пока Снэйк не ранит Шэдоу, и тот замертво падает в арктические воды.

Спасаясь вместе с Маккалленом, Рекс угоняет его личную подлодку, откуда отдаёт приказ подорвать поверхностные надстройки базы: арктические льды обрушиваются на базу и уничтожают её. G.I. Joe спешно отступают. Дьюк и Анна преследуют Рекса на минисубмарине. Тем временем Рипкорд успевает сбить ракету, летящую к Москве, но опаздывает с Вашингтонской боеголовкой. Чтобы спасти город, Рип таранит её и выносит нанитов в стратосферу, в последний момент катапультировавшись.

Пока подлодка выходит из зоны боевых действий, Рекс делает Маккаллену инъекцию экспериментальных нанитов, которые его «лечат», но при этом уродуют: голова Маккаллена теперь напоминает железную маску, которую когда-то надели на его предка. Рекс захватывает власть над остатками личной армии Маккаллена (теперь уже Дестро) и его организации, переименовывая её в Кобру, а себя провозглашает Командиром. Однако их обоих вскоре арестовывают G.I. Joe.

После инцидента подразделение G.I. Joe было реабилитировано, а Дьюк и Рипкорд вступают в него уже на постоянной основе. Через какое-то время Дьюк навещает Анну в тюрьме, где из неё пытаются извлечь наномитов, и просит у неё прощения за то, что он бросил её и обещает ей после извлечения наномитов воссоединиться.

В последних кадрах показывают президента США (Джонатан Прайс), который возвращается из бомбоубежища «Mars Industries» в свой личный кабинет. Однако по его поведению можно понять, что это на самом деле Зартан, которому Рекс с помощью нанитов передал внешность президента.