Упс… Ной уплыл!

Грядёт всемирный потоп, и Ной собирается отплывать. Он попросил всех зверей собраться в одном месте. Двое фантастических зверьков — Гнездовики Дэйв и его сын Финни — отправляются в путь из пустыни. У них разные характеры, сын хочет искать друзей, а отец старается оберегать его. Они собираются со множеством зверей у ковчега.

Массами зверей управляет Лев — красивый, но хвастливый и полный самолюбования лидер. Он объявляет правила, что хищники не имеют права есть травоядных на время потопа. Некоторые хищники с этим не соглашаются. На следующее утро Лев организовывает регистрацию по списку Ноя. Дэйв и Финни не попадают в список. Однако, стараясь не разочаровать сына, Дэйв маскируется под Грюмов — кошкоподобных зверей, которые есть в списке. Им это удаётся. Финни хочет подружиться с Леей — дочерью самки грюма, но у него не получается, а мать Леи ненавидит Дэйва.

Леа отправляется на палубу, Финни следует за ней. Они хотят увидеть потоп, но на них нападет горилла-охранник и они попадают на мост к кораблю. Начинается наводнение и малыши попадают за борт. Пара Крыланов хватает их, чтобы съесть, но Финни испускает газы и они падают на остров. Их родители ищут их по всему кораблю, в итоге идут ко Льву, а он посчитав их за безбилетников, приказал гориллам запереть их. Тем временем Финни и Леа ночуют на острове. У них разные характеры — Гнездовики дружелюбны, а Грюмы — одиночки. На следующий день они хотят уйти высоко на гору, чтобы убежать от потопа. На них снова нападают грифоны, но их спасают Толстяк и его друг Прилипучка. Толстяк считает себя большим слизнем-неудачником (на самом деле он кит). Финни зовёт их идти вместе.

Тем временем Дэйв и мать Леи наконец забывают о своих разногласиях, одурачивают гориллу-охранника и убегают к капитанскому мостику. Дэйв хочет убедить Льва повернуть корабль, но у него не получается, тогда мать Леи оглушает льва, а Дэйв использует его, как марионетку, чтобы обмануть охранников. Финни, Леа, Толстяк и Прилипучка идут на вершину горы, но падают в пропасть, где их поджидает семейство Грифонов. Однако Финни строит планер, и они перелетают на другую часть острова. Леа не хочет больше идти вместе со всеми и уходит одна. В итоге она падает с обрыва и виснет на ветке. В последний момент Толстяк вытаскивает её языком по идее Финни. После этого она начинает ценить их дружбу. Бегущие от потопа устраиваются спать в пещере, где Финни строит для всех гамаки. Наутро в пещеру начинает заливаться вода. Их уносит потоком. Толстяк застревает и вода смывает его и Прилипучку в воду. Также в воду падают крыланы. Леа убеждает Финни идти дальше. Они забираются на вершину, и её затапливает. Они оказываются на льдине.

Дэйв и мать Леи не могут найти их. Тогда Финни с помощью Леи выпускает газы и родители находят их. Но корабль идёт прямо на льдину, Лею успевает схватить мать, но Финни тонет. Дэйв прыгает за ним. Грюмы также бросаются за ними. Кажется, Финни вот-вот умрёт. Дэйв обнимает его. Затем выясняется, что Гнездовики прекрасные пловцы — с помощью хвостов они умеют плавать. Леа и её мать снова попадают на борт. Но на Финни нападают крыланы. Он заманивает их в ловушку, но они вырываются. В последний момент появляется Толстяк (выяснилось, что он не слизняк, а кит) и глотает Крыланов.

Выясняется, что Лев забыл объяснить, что Гнездовики — водоплавающие звери, и поэтому Ной не включил их в список. Теперь угнетаемые всеми зверьки нашли свой дом — в воде.