Возвращение Супермена

Со времён второй части прошло 5 лет. Лекс Лютор (Кевин Спейси), заклятый враг Супермена, продолжает совершать преступления, радуясь отсутствию своего врага. А в это время Супермен (Брэндон Раут) возвращается на Землю на криптонском корабле к своей приёмной матери Марте Кент. Утром Кларк возвращается в «Дэйли Плэнет» и обнаруживает, что его давняя любовь — журналистка Лоис Лэйн — уже помолвлена с племянником редактора газеты Ричардом Уайтом и родила от него сына Джейсона, который ещё довольно слаб, и поэтому вынужден принимать много лекарств. Она даже написала статью «Почему миру не нужен Супермен», чтобы вернуться к прежней жизни.

В это время сама Лоис сидит в новом самолёте-носителе космического шаттла и берёт интервью. Но вдруг самолёт ломается, и Кларк спешит, чтобы спасти его. Ему это удаётся, и все его встречают с огромной радостью. Лоис поручают написать статью про возвращение Супермена, а Кларку — про выключение электричества по всему миру (которую хотела написать Лоис). Причиной этого выключения является эксперимент Лекса с кристаллом, взятым из крепости Кларка.

Неожиданно Лекс обнаруживает, что кристалл расширяется в воде и создаёт себе замок, добавив в кристалл криптонит. Лоис решает узнать что-нибудь про него и отправляется к нему, взяв с собой Джейсона, но Лекс обнаруживает их и берёт в плен. Затем выясняется, что на Джейсона криптонит не действует, как думал Лекс. Джейсон решает отвлечь охранника, сыграв вместе с ним на рояле, а Лоис отправляет по факсу координаты яхты. Охранник её обнаруживает, но Джейсон неожиданно кидает в него рояль, чем ясно даёт понять, что Супермен — его настоящий отец. Их запирают в холодильную камеру, но их вытаскивает Ричард, который получил координаты. Яхта начинает тонуть, но прилетает Кларк и спасает их.

Криптонитовый замок опасен для Кларка, он теряет свои силы, и охранники Лекса избивают его, а затем сам Лекс пронзает его криптонитовым лезвием. Кларк падает с огромной высоты в воду. Тем временем Лоис убеждает Ричарда вернуться за Суперменом, так как уверена, что Лекс убьёт его. Они возвращаются, и Джейсон видит Супермена в воде. Лоис прыгает за ним и вместе с Ричардом вытаскивает из воды. В самолёте Лоис извлекает осколок лезвия из Супермена, давая ему излечиться, затем Кларк летит к Солнцу и подпитывается его энергией, чтобы затем уничтожить криптонитовый замок. Он опускается на глубину, чтобы поднять замок в космос.

Лекс, тем временем, уверен, что Супермен мёртв. Но происходит землетрясение, из-за которого гибнут люди Лекса, а он со своей пассией Китти спасается на вертолёте. Женщина предаёт Лекса, испугавшись его грандиозных кровожадных планов и выкидывает остальные кристаллы. Лекс не успел вернуться за ними, замок раскалывается, и они улетают. Кларк поднимает замок в воздух, с трудом преодолевая воздействие криптонита. В космосе он отпускает замок и теряет сознание. В больнице его не могут вернуть к жизни, и все считают, что он умер. Супермен впадает в кому. Тысячи людей стоят возле больницы, чтобы выразить свою благодарность и почтение Супермену. Китти спасается с Лютором в вертолёте, в конечном итоге они оказываются на неизведанном острове, когда у них заканчивается топливо.

Лоис навещает Супермена, но тот в коме. Она уходит, и через некоторое время Супермен исчезает. Он навещает сына сказав ему что однажды его день придёт и станет вторым Суперменом (наследник Супермена и внук Криптона), после чего летит в космос, чтобы дальше следить за порядком на Земле.