Её звали Никита

По обвинению в убийстве полицейского молодую девушку по имени Никита (Уилсон) суд приговаривает к пожизненному заключению. Вскоре после суда её вербует Первый отдел — секретная контртеррористическая организация. Никита становится оперативным сотрудником Первого отдела. Для всего остального мира она мертва, во все официальные документы внесена информация, что она покончила с собой передозировкой транквилизаторов.

Никита вынуждена научиться принятым в Первом отделе безжалостным методам работы хладнокровного агента-убийцы. За малейшее ослушание или ошибку ей грозит смерть или камера пыток. Очень трудно остаться нормальным человеком в железных стенах этого заведения, оснащённого ультрасовременными суперкомпьютерами и новейшими научно-техническими разработками, где центральная позиция — быть идеальной убийцей и следовать безжалостным приказам. Борьба Никиты с жестокими правилами отдела, и в то же время, оставаясь в рамках них за свои идеалы — за добро, за свободу, за волю, за помощь слабому и невиновному, и главное, за своё женское счастье, за любовь — составляет центральную сюжетную линию сериала. Отношения Никиты с её наставником — оперативником Майклом (Дюпюи) — от простого ученика-учителя до крепких друзей и партнёров по взаимовыручке в трудную минуту — вплоть до крепкой любовной и романтической привязанности, и борьба за них с железным руководством отдела составляют вторую сюжетную линию сериала.

В четвёртом сезоне руководство отдела, решив провести эксперимент над психикой Никиты, пытается сделать Никиту более лояльной к методам работы отдела, сделать из неё безжалостного идеального робота-убийцу, бездумно выполняющего приказы. К Майклу она привязалась «больше, чем положено», однако любовь побеждает и Майклу удаётся спасти Никиту от действия психотропов. Хитрыми уловками, сбежав из отдела, против воли начальства, благодаря поддержке друзей и врагов отдела, уничтожив свои профайлы, некоторое время им удаётся пожить счастливой и непринуждённой жизнью любовной пары. Но несмотря на это, несчастным влюблённым так и не суждено быть вместе. Никите в конце придётся сделать непростой выбор — отдел или совместная жизнь с Майклом.

Второстепенную сюжетную линию составляют отношения между Шефом (Юджин Роберт Глэйзер) и Мэделин (Альберта Ватсон), и другими руководителями отдела, которые, несмотря на каменную холодность и жёсткость в плане железных правил отдела, также развивают чувства друг к другу.

В последних сериях Никита узнаёт правду об истинных причинах её попадания в Первый отдел и понимает правду о роли своей семьи и отца.