Бегущий в лабиринте: Лекарство от смерти

Томас, Ньют, Фрайпан, Бренда и Хорхе вместе с командой Винса освобождают иммунов (подростков, устойчивых к вирусу), похищенных «П.О.Р.О.К.». Все задержанные освобождены, за исключением Минхо, друга Томаса. Томас уверен, что Минхо ещё держат в «П.О.Р.О.К.», и убеждает Винса идти в некий «Город», о котором говорил Эрис, один из спасённых ребят. Винс отказывается, заявляя, что не будет рисковать всеми ради спасения одной души.

В это время по приказу Дженсона «П.О.Р.О.К.» начинает разведку с целью найти Томаса и его друзей. Ночью Томас решает отправиться на поиски Минхо, не желая вмешивать других. Ньют убеждает Томаса взять его и Фрайпана с собой. Тереза в лаборатории «П.О.Р.О.К.» с помощью крови Минхо создаёт сыворотку и использует её на одной заражённой.

Томас, Ньют и Фрайпан отправляются на поиски города и Минхо. В туннеле они встречают заражённых, при неудачной попытке сбежать переворачивается машина. При поддержке Хорхе и Бренды они всё же сумели сбежать. Томас вместе со своей командой находит город, о котором ему говорил Эрис. Обнаружив Томаса с помощью чипа в его теле, Дженсон приказывает стрелять. Томас с командой убегают, но люди в масках их похищают. Выясняется, что во главе этих людей стоит глэйдер Галли, который выжил после попадания копья в грудь. Томас нападает на Галли (ведь из-за Галли погиб Чак), но Ньют его успокаивает. Галли рассказывает, что он работает на бизнесмена Лоуренса, чьи люди и спасли его в лабиринте. Томас и Лоуренс договариваются, чтобы Галли показал, где находится «П.О.Р.О.К.». Галли проводит Томаса, Ньюта и Фрайпана до главного здания в городе.

Во время подготовки плана Томас чуть не ссорится с Ньютом. Они мирятся, и Ньют рассказывает Томасу, что заражён. Тереза покидает комплекс «П.О.Р.О.К.», так как заражённая, которой она ввела сыворотку, не вылечилась и умерла. По дороге Тереза замечает Томаса и следует за ним. Томас интересуется у девушки, сожалеет ли она о своем предательстве. Тереза убеждена, что поступила правильно. К девушке подходит Галли и накидывает на неё капюшон, так как она не согласится помочь добровольно. Вместе с Томасом они отводят Терезу в штаб Лоуренса. С её помощью Томас, Галли и Ньют собираются проникнуть в комплекс «П.О.Р.О.К.», чтобы освободить остальных иммунов и спасти Минхо. Тереза заявляет, что всё закончится, как только будет найдено лекарство.

Тройка с помощью Терезы проникает в здание. Томас освобождает пленённых детей, и Галли провожает их к Бренде и Фрайпану. Томас, Ньют и Галли отправляются на поиски Минхо. Они находят Минхо, которому удалось сбежать, и отбиваются от солдат Дженсона, выпрыгивая через окно в фонтан перед входом в здание. Бренду засекает «П.О.Р.О.К.», но с помощью Фрайпана ей удаётся спасти детей. Лоуренс в это время поднимает бунт, и, жертвуя собой, взрывает ворота, что приводит к разрушению других зданий. Ньюту по дороге становится плохо, и Томас отправляет Галли и Минхо принести сыворотку. Тереза выясняет, что кровь Томаса может помочь другим заражённым вылечиться. С помощью громкоговорителя она призывает Томаса прийти в здание.

Передав Томасу кулон, Ньют после сообщения Терезы переходит черту от обычного заражённого к шизу. Он начинает драться с Томасом, совершенно не контролируя свои действия. Разум Ньюта в последний момент проясняется, и набросившись на Томаса с ножом, он убивает им не друга, а себя, попав лезвием прямо в сердце. Прошептав последнее слово «Томми», Ньют замертво падает на землю. Тем временем прибегает Бренда с сывороткой, которая могла дать Ньюту шанс выжить. Томас уходит к Терезе, а следом за Брендой появляются Минхо, Галли и Фрайпан, которые видят своего друга с ножом в сердце и плачущую рядом с ним свою подругу.

Томас с пистолетом в руках приходит в здание «П.О.Р.О.К.» и хочет застрелить Аву Пейдж, но, когда узнаёт, что дело в нём и что он мог спасти заражённого Ньюта, который покончил жизнь самоубийством из-за Вспышки, передумывает. В этот миг Дженсон убивает Аву Пейдж и усыпляет Томаса. Когда Томас просыпается, Дженсон рассказывает, что с его помощью «П.О.Р.О.К.» спасёт только тех, кого он решит спасти сам. Тереза нападает на Дженсона, а он, во время побега Томаса и Терезы, ранит Томаса. В лаборатории Томас ломает стекло, за которым находятся заражённые. Вырвавшись на свободу, они нападают на Дженсона.

Доковыляв до крыши, Томас и Тереза усаживаются. Потеряв надежду на спасение, Тереза передаёт Томасу сыворотку с лекарством от Вспышки и сообщает ему о том, что она лишь хотела помочь, после чего они целуются. Над ними взлетает берг во главе с Винсом, команда открывает люк, намереваясь забрать друзей. Тереза помогает Томасу добраться до края здания, откуда они должны спрыгнуть с крыши на самолёт. Засунув Томаса в грузовой отсек, девушка оглядывается на падающее здание. Понимая, что это конец, Тереза глядит на Тома прощальным взглядом и, искупая грехи, падает вслед за рушащимся полом.

Раненого Томаса удаётся спасти. Он приходит в себя уже в палатке на земле, позже названной Винсом Тихой гаванью. Минхо передаёт кулон, который Томасу подарил Ньют. Открыв его, он находит там письмо, в котором говорится, что Ньют вовсе не жалеет, что ввязался во всё это.

В честь погибших в Тихой Гавани размещают огромный камень, на котором каждый пишет имена тех, кого потерял, и кто пал ради того, чтобы добраться до этого места.

Выжившие глэйдеры выбивают имена Чака, Уинстона, Алби, Зарта и других погибших ребят. Минхо выбивает имя своего друга, которого он спас из Лабиринта, но не смог спасти в Денвере — Ньюта. А Галли, раскаявшись в своём поступке, выбивает имя Чака, которого убил из-за воздействия укуса гривера.

В конце фильма Томас вычерчивает имя Терезы и вынимает из кармана пузырёк с лекарством.