Превосходство Борна

Со времени событий, описанных в фильме «Идентификация Борна», прошло почти три года. Джейсон Борн и его подруга Мари Кройц живут инкогнито в штате Гоа в Индии. Борна преследуют воспоминания об убийстве в берлинском отеле.

Тем временем в Берлине проходит операция ЦРУ. Памела Лэнди хочет получить за 3 миллиона долларов так называемые «файлы Неского» — документы, которые должны пролить свет на кражу 20 миллионов долларов из ЦРУ, совершенную несколькими годами ранее. В прошлом российский политик Владимир Неский должен был объявить похитителя денег, но был убит женой в берлинском отеле. Текущая операция также проваливается: киллер Кирилл, отключив электричество в отеле, убивает агента и «купца» и похищает документы с деньгами, чтобы передать их русскому олигарху Юрию Греткову, на которого он работает. При этом на взрывном устройстве, повредившем силовой кабель, он специально оставляет отпечатки пальцев Борна.

Затем, прибыв в Гоа, Кирилл пытается убить Борна. Борн «вычисляет» чужака, и ему удается уйти, но при этом от руки Кирилла (выстрел из снайперской винтовки) погибает Мария. Кирилл же уверен, что убил Борна, то есть выполнил заказ. Борн отправляется в Неаполь, чтобы выяснить, почему ЦРУ вновь его преследует.

Лэнди обнаруживает, что отпечатки пальцев на взрывном устройстве совпадают с отпечатками одного из агентов проекта «Тредстоун». Она добивается доступа к материалам проекта. Куратор проекта Уорд Эбботт и Лэнди отправляются в Берлин.

По прибытии в Неаполь Борна задерживают. Во время допроса сотрудником посольства США, Борн нападает на него, копирует его SIM-карту и, подслушав разговор сотрудника с Лэнди, узнаёт, что та хочет найти Борна и что он подозревается в нескольких убийствах, совершенных недавно в Берлине. В Мюнхене Борн находит бывшего агента проекта «Тредстоун» Ярду, чтобы выяснить, кто и почему его преследует. Ярда сообщает, что проект закрыт. В ходе начавшейся борьбы Борн вынужден убить Ярду.

В Берлин Лэнди и Эбботт привозят Ники Парсонс, которая в проекте «Тредстоун» отвечала за здоровье агентов и снабжение. Борн следит за Лэнди, уверенный, что это она организовала покушение в Гоа. Выторговав у ЦРУ встречу с Ники, он расспрашивает её о проекте «Тредстоун» и охоте на него. Ники поясняет, что его подозревают в убийствах и срыве операции в Берлине. Борн решает, что речь об убийстве Неского в берлинском отеле «Брекер», которое было его первым заданием. Ники говорит, что первая операция Борна была в Женеве, и она ничего не знает про убийство в Берлине. Лэнди через систему подслушивания слышит этот разговор и начинает думать, что Борн невиновен.

Борн посещает отель «Брекер» и вспоминает свою первую миссию: это он убил супругов Неских, вложив оружие в руки жене политика. Борн приходит к Эбботу, который сознаётся, что он вместе с Гретковым причастен к похищению денег. Покушение в Гоа тоже организовано им. Борн записывает его признание на диктофон, чтобы передать запись Лэнди. Когда Лэнди приходит в номер к Эбботу, тот стреляет себе в голову.

Борн отправляется в Москву, чтобы найти дочь супругов Неских Ирину. Кирилл преследует Борна и в ходе автомобильной погони погибает. Юрия Греткова арестовывают. Борн добирается до квартиры, где живёт дочь Неских, и рассказывает ей правду о смерти родителей, после чего уходит.

Спустя некоторое время Борн звонит Лэнди, находящейся в Нью-Йорке. Она благодарит его за запись и сообщает ему его настоящее имя, место и дату рождения.