Ультиматум Борна

Джейсон Борн пытается скрыться в Москве от преследования милиционеров и ночью вламывается в аптеку, чтобы обработать рану, но там его находят двое милиционеров. Обезоружив одного из них, Борн щадит второго и уходит. Затем агент приезжает в Париж, где находит брата Марии и рассказывает о её убийстве.

Тем временем, журналист Guardian Саймон Росс ведёт расследование дела Джейсона Борна. В Турине Росс встречается с человеком, который знает всё про Борна. Тот втайне рассказывает ему про секретную операцию «Блэкбрайар», которая является продолжением и развитием проекта «Трэдстоун»; незадачливый Росс рассказывает об этой детали своему редактору по телефону. ЦРУ перехватывает его звонок и, услышав название сверхсекретной операции, решает, что Росс представляет большую опасность. Ноа Воусен, заместитель директора ЦРУ, приказывает установить за Россом постоянную слежку, чтобы выяснить, кто его информатор. Тем временем Борн, прочитав в газете статью про себя, назначает Россу встречу на вокзале «Ватерлоо» в Лондоне. Борн заранее понимает, что за Россом уже следят и прослушивают, поэтому ведёт себя конспиративно. Поначалу ему удается спасти Росса от нападения агентов, но в последний момент он всё-таки показывает своё лицо камере видеонаблюдения. Воусен видит Борна и Росса вместе и, решив, что Борн и есть информатор, приказывает «спецу»-киллеру Пасу убить обоих. Росс, нарушая приказ Борна, выбегает из укрытия и тут же получает пулю в голову из снайперской винтовки.

Борн забирает все вещи Росса и по ним выходит на Нила Дэниелса, главу отделения ЦРУ в Мадриде. Тем временем Памела Лэнди приходит к выводу, что Борн никак не может являться информатором Росса, так как, по разговору журналиста с редактором, он собирался встретиться с информатором в Турине. Проверив телефоны сотрудников, аналитики приходят к выводу, что информатором был Дэниелс. Агенты в Мадриде отправляются на его квартиру, но Борн прибывает туда первым и обезвреживает их. Самого Дэниелса он там не обнаруживает, но зато встречает свою бывшую связную Ники Парсонс, которую перевели из Берлина. Испытывая к Джейсону некоторые чувства, Ники решает помочь Борну и бежать с ним, пока не прибыло подкрепление. Борн звонит в полицию и сообщает, что слышал выстрелы и крики рядом с квартирой Дэниелса, для убедительности сделав несколько выстрелов в стену. Прибывшее подкрепление ЦРУ задерживают местные полицейские.

Сам Нил Дэниелс уезжает в Танжер. Он ожидает, когда в местный банк поступят его средства. Воусен посылает «спеца» Дэша Буксани убить Дэниелса. В нужный момент счет Дэниелса «размораживают» и тот, ничего не подозревая, отправляется в банк. Борн пытается предотвратить смерть Дэниелса, но не успевает. Поняв, что Борн и Парсонс там же и действуют заодно, Воусен приказывает «спецу» убить обоих. Лэнди категорически против этого. Борну же в долгом единоборстве удаётся убить Дэша и сообщить от его имени в ЦРУ, что задание якобы выполнено, и обе цели мертвы, таким образом выиграв время. Ники, сменив прическу, уезжает, а Борн продолжает своё расследование.

Вскоре ЦРУ перехватывает звонок Борна Памеле Лэнди, в котором он даёт понять, что находится в Нью-Йорке, причём недалеко от отделения. Воусен приказывает оцепить близлежащие кварталы. Лэнди сообщает Борну его настоящее имя — Дэвид Уэбб — и дату рождения, которая на самом деле оказывается шифровкой. Лэнди получает СМС-сообщение от Борна, которое тут же перехватывается. В сообщении Борн назначает Памеле встречу на одной из площадей Нью-Йорка. Туда отправляются все местные спецподразделения, но это оказывается отвлекающим манёвром: в действительности Борн в это время проникает в кабинет Воусена и крадёт оттуда все документы, связанные с ним самим и операцией «Блэкбрайар». Борна преследует группа агентов и «спец» Пас. В ходе автопогони Борн выживает, а спец оказывается тяжело контужен. Борн целится в него, но не стреляет. Отбившись от преследования, он встречается с Памелой по адресу, указанному в шифровке. Это адрес клиники, где проводилась подготовка агентов «Тредстоуна», в том числе и самого Джейсона. Борн передаёт документы Лэнди, и она по факсу отправляет все документы в прессу.

Последним делом Борн посещает доктора Альберта Хёрша, который разработал программу подготовки агентов. Встреча с ним помогает Борну вспомнить всё. Оказывается, капитан Дэвид Уэбб сам добровольно принял решение стать Джейсоном Борном — профессиональным убийцей, работающим на ЦРУ. Джейсон вздыхает с облегчением от того, что наконец восстановил память, но решает не убивать Хёрша, объясняя это тем, что он «не заслужил памятной звезды почёта в Лэнгли».

Тем временем агенты врываются в здание и преследуют Борна. Вместе с ними и выживший Пас. Когда Борн прорвался на крышу, «спец» поймал его на прицел. Борн пытается его образумить, напоминая о морали и милосердии. Пас решает прислушаться и опускает оружие. Воусен, понимая, что его конец близок, решает сам расправиться с Борном. Он стреляет в Джейсона в тот момент, когда тот прыгает с крыши 10-этажного дома в реку.

Спустя несколько дней Ники Парсонс смотрит новости по телевизору, в которых сообщается, что проект «Блэкбрайар» разоблачен, Хёрш и Воусен арестованы, а о судьбе Джейсона Борна ничего не известно. «Он упал в реку с высоты 10-го этажа, однако трёхдневные поиски тела так ни к чему и не привели». Ники улыбается, понимая, что Борну удалось выжить. В последнем кадре показывают Борна, уплывающего под водой с места падения.