Губка Боб в бегах

Фильм начинается с представления подводного города Бикини-Боттом и главных героев. Ранним утром Гэри будит своего хозяина, Губку Боба, после чего тот спешит крикнуть Патрику «Доброе утро». Друзья обмениваются криками, к раздражению их соседа Сквидварда, после чего Губка Боб идёт завтракать вместе с Гэри, попутно показывая счастливую повседневность Боба и Гэри, а затем спешит на работу в «Красти Краб», оставляя Гэри грустным и одиноким. В «Красти Крабе» Губка Боб по прибытии непреднамеренно раздражает Сквидварда своими проделками. Мистер Крабс выходит из офиса и приказывает Бобу открыть ресторан, подняв флаги с вывеской и развернув дымовые трубы. В это же время в «Помойном ведре» Планктон строит ещё один злой план, чтобы получить секретную формулу крабсбургера, но Карен перебивает его и напоминает ему о его «стене неудач», которая представляет собой огромную стену, заполненную фотографиями неудач Планктона. Этим она убеждает Планктона, что истинная причина всех его неудач — Губка Боб. Однако Планктон лишь игнорирует её и продолжает работать над своим планом…

В «Красти Крабе» Губка Боб занят приготовлением и подачей крабсбургеров, и в это время в ресторан заходит Сэнди со своим новым изобретением — роботом-менеджером по имени Отто. Она показывает робота мистеру Крабсу, и он решает принять его из-за бесчувственности. Однако, как только Отто начинает получать контроль над офисом Крабса и разбрасываться в краба словами «Ты уволен!», Юджин не выдерживает и выбрасывает робота в мусорный бак Планктона, после чего Карен решает забрать Отто к себе, считая его симпатичным.

Ночью в «Красти Крабе» мистер Крабс перед уходом говорит Губке Бобу, чтобы он убрался в ресторане, что он и делает. Боб по завершении уборки выходит из кухни, и камера приближается к банке солёных огурцов, в которой спрятался Планктон, готовящийся украсть формулу. Он использует гигантский механический коготь, чтобы снять крышку с крабсбургера. Он успешно снимает её, берёт кусочек мяса и кладёт в анализатор, который распечатывает секретную формулу. Однако Губка Боб возвращается на кухню в поисках ключей, в ходе чего формула вылетает из рук Планктона и погоня за ней заканчиваются для Шелдона измельчением и падением во фритюрницу (в ходе чего, вполне вероятно, листок с формулой уничтожается) — в этот момент он осознаёт, что Губка Боб в действительности является настоящей причиной всех его неудач в попытке завладеть формулой крабсбургера.

Тем временем, в затерянном городе Атлантида-Сити его правитель Посейдон жалуется на морщинки под глазами, после чего просит Канцлера принести ему улитку, у которой царь использует её слизь в качестве крема для лица. В этот момент он внезапно обнаруживает, что у улитки закончилась слизь, после чего он приказывает немедленно принести ему другую улитку, но Канцлер говорит Посейдону, что у них закончились улитки, что приводит к тому, что он пишет королевский указ о предоставлении новой улитки Посейдону. Планктон читает данный указ, после чего ему приходит в голову идея похитить Гэри и отправить Губку Боба на рискованную миссию по возвращению своего питомца, тем самым навсегда избавившись от своего источника неудач.

На следующее утро Губка Боб приходит домой с работы и приветствует Гэри, но никакого отклика не получает. Боб начинает искать питомца и понимает, что Гэри пропал; он расклеивает плакаты по всему городу и в слезах вспоминает, как он в детстве впервые встретил Гэри в летнем лагере «Коралл». В дом Губки Боба прибегает Патрик, который говорит расстроенному другу, что он нашёл один из плакатов с потерявшимся Гэри. Патрик находит упомянутый ранее королевский указ, отсылающий к тому, что Гэри был похищен и доставлен в затерянный город Атлантида-Сити, которым правит тиран Посейдон. Однако Губка Боб не решается на спасение, ссылаясь на свою неуверенность, но Патрик тут же подбадривает его и говорит, что отправится вместе с ним. Губка Боб и Патрик готовы отправиться спасать Гэри, но для этого им, как ни странно, понадобится машина. К счастью, Планктон (как часть его плана) предоставляет Губке Бобу и Патрику бесплатный катер с Отто в качестве водителя, после чего герои отправляются на опасную миссию по спасению Гэри. В это же время мистер Крабс и Сквидвард не справляются с одичавшей толпой клиентов, после осознания того, что Губка Боб пропал.

Губка Боб и Патрик, находящиеся во сне, прибывают в Ущелье покойников, дикозападный городок, где встречают перекати-поле по имени Мудрец, который становится наставником героев и даёт Губке Бобу «монету смелости», которая должна ему дать уверенность в себе, необходимую в их поездке. Им двоим поручается задание, которое состоит в том, чтобы освободить души кровожадных ковбоев-пиратов-зомби из салуна «Инферно». После музыкального номера зомби в салун прибывает их лидер Эль Диабло, который захватывает Губку Боба и Патрика. Эль Диабло намеревается убить друзей ножом, но те непреднамеренно открывают шторы, позволяя солнечному свету убить Эль Диабло, тем самым освобождая души зомби из салуна, как сказал им Мудрец. Однако Эль Диабло возрождается в виде дымчатого монстра и снова пытается поймать Губку Боба и Патрика, но терпит поражение. Вскоре друзья просыпаются от сна и видят Мудреца на переднем сиденье катера, который говорит им заглянуть в Окно темвременья, волшебное устройство, которое позволяет им наблюдать за тем, что происходит в королевстве Посейдона. Видя, что царь использует Гэри в качестве крема для лица, Губка Боб и Патрик в ужасе скорее спешат в Атлантиду-Сити. Тем временем, в опустевший «Красти Краб» приходит Планктон и говорит расстроенному мистера Крабсу, чтобы он дал ему секретную формулу. Крабс без колебаний достаёт крошечную формулу из своего пояса и передает её Планктону, который сначала счастливо принимает её, но потом чувствует себя опустошённым и расстроенным, видя Крабса таким подавленным.

Губка Боб и Патрик, наконец, прибывают в затерянный город Атлантида-Сити, где Мудрец советует друзьям не рассредотачиваться, но на входе они тут же теряют сосредоточение на своей цели. Губка Боб и Патрик начинают во всю развлекаться в городе — кататься на американских горках, есть кучу еды и играть в азартные игры; всё это приводит к тому, что они на утро просыпаются будучи сбитыми с толку. Когда друзья приходят в себя, они получают выговор от Мудреца и спешат во дворец Посейдона, где их принимают за артистов на шоу талантов. В ходе их номера Губка Боб видит Гэри и пытается вернуть его домой, но Посейдон не позволяет этого сделать и приказывает стражникам арестовать Губку Боба с Патриком.

Тем временем, в Бикини-Боттом Сэнди, катающаяся на механических ракетных санях, прибывает в ананас Губки Боба, где видит, что он пропал, после чего бежит в «Красти Краб» и начинает обвинять мистера Крабса и Сквидварда в исчезновении Губки Боба, которые объясняют, что они не виновны. В этот момент по телевизору ресторана показывается новость о том, что в Атлантиде-Сити Губка Боб и Патрик были арестованы за «покушение на королевскую улитку» и готовятся к казни. Видя это, Сквидвард, мистер Крабс, Сэнди и присоединившийся из чувства вины Планктон отправляются на бургеромобиле в затерянный город, чтобы спасти друзей. В это время, в подземелье Посейдона Губка Боб узнаёт, что потерял свою «монету смелости», данную ему Мудрецом, поставив её на деньги во время игры в покер. Из-за потери монеты друзья ссорятся и затем отправляется на свою казнь. В последний момент прибывают Сквидвард, Сэнди, мистер Крабс и Планктон, которые начинают объяснять, почему Губка Боб не должен быть казнён, ссылаясь на их детские воспоминания со времён лагеря. По воспоминаниям Сэнди: маленький Губка Боб во время своего знакомства с Сэнди задаётся вопросом, почему она носит свой скафандр, на что белка отвечает ему с научной точки зрения. Когда Боб спрашивает, является ли она учёным, Сэнди с грустью отрицает это. Губка Боб уверяет её, что она может стать кем угодно; Сэнди быстро убеждается Бобом, что она действительно может быть учёным, если захочет. По воспоминаниям Патрика: Губка Боб нашёл одинокого плачущего Патрика и спрашивает, что случилось, на что Патрик отвечает, что хочет домой и что у нет друзей, поэтому Боб решил сдружиться с одинокой морской звездой. По воспоминаниям Сквидварда: Сквидвард очень хотел выиграть в шоу талантов лагеря «Коралл», и когда выступление Губки Боба и Патрика впечатляет толпу и они выигрывают в конкурсе, Сквидвард со слезами бросает кларнет и бежит в свой домик. Ночью Губка Боб и Патрик заходят к нему и говорят, что «произошла ошибка», и на самом деле в шоу талантов выиграл Сквидвард, после чего отдают ему награду. После этих воспоминаний мистер Крабс произносит речь о том, как Губка Боб вдохновил его открыть «Красти Краб» и, что на самом деле Губка Боб является секретной формулой крабсбургера, после чего герои исполняют музыкальный номер, в ходе которого Губка Боб добирается до Гэри и заменяет его на деревянную имитацию. Герои выходят из зала, после чего Посейдон раскрывает их и посылает стражников поймать их.

После захватывающей сцены погони банда прячется в рыцарских доспехах, ведущих к интенсивной кульминации со стражниками, сражающимися с контролируемыми доспехами. Герои выбегают из дворца, но окружаются Посейдоном и стражниками. Греческий Бог, которому понравилось выступление банды, решается отпустить их только в том случае, если они вернут Гэри. Боб расстраивается предложением, но появляется Мудрец, который говорит, что смелость, необходимая ему для противостояния с Посейдоном, находится внутри него. Поняв это, Губка бросает вызов Посейдону и говорит ему, что слишком сильно любит Гэри, чтобы отдать его, на что Посейдон готовится убить героев. В ходе своей речи Боб упоминает, что у царя нет верных друзей, таких как у него. Посейдон сначала смеётся над этим, но после того, как проверил на дружбу всех в своём королевстве, он приходит к печальному выводу о том, что у него нет друзей. Губка Боб говорит расстроенному Посейдону, что он с радостью будет его другом, если тот не заберёт Гэри, но Посейдон говорит, что без улитки он останется некрасивым. Губка Боб в ответ объясняет, что внешность не имеет значения — важно то, что внутри. После таких слов Посейдон снимает с себя парик, зажим для шеи, пояс и зубные протезы, после чего царь понимает насколько свободным он себя чувствует. Он хвалит Губку Боба за то, что у него хватило смелости противостоять королю и отпускает Гэри и всех улиток, которых он ранее похитил, после чего Боб решился превратить Бикини-Боттом в убежище для морских улиток.

Фильм заканчивается посвящением памяти покойному создателю Губки Боба, Стивену Хилленбергу.