Фантастические твари и где они обитают

В ноябре 1926 года британский волшебник и магический зоолог Ньют Саламандер прибывает на корабле в Нью-Йорк по дороге в Аризону: он работает над книгой о различных волшебных существах и везёт многих из них в своём магическом чемодане. Он встречает Мэри Лу Бэрбоун, женщину-магла, возглавляющую общество «Второй Салем», которая утверждает, что ведьмы и волшебники существуют и являются опасными. Когда Ньют слушает её речь, нюхль (маленькое утконосоподобное существо со страстью ко всему блестящему) убегает из его чемодана. Ньют, пытаясь поймать нюхля, встречает магла Якоба Ковальски — участника Первой Мировой войны, ныне работника консервного завода, мечтающего открыть собственную пекарню, и они случайно меняются чемоданами. Бывший мракоборец Тина Голдштейн, лишённая этой почётной должности из-за драки с маглом, в надежде заслужить прощение начальства арестовывает Ньюта как незарегистрированного волшебника и отправляет его в Вулворт-билдинг — штаб-квартиру Магического Конгресса Управления по Северной Америке (МАКУСА). Однако в чемодане оказываются только булочки, и Ньюта отпускают. В квартире Якоба несколько существ выбираются из чемодана Ньюта. Между тем Мэри Лу в сопровождении своих приёмных детей ищет поддержки своей борьбе у газетного магната Генри Шоу и его сына Генри-младшего, перспективного кандидата на предстоящих выборах в Сенат, однако политик в оскорбительной форме выгоняет их.

После того, как Тина и Ньют находят Якоба и чемодан, Тина отводит их в свою квартиру и знакомит со своей сестрой Куини. Куини и Якоб проникаются симпатией друг к другу, хотя американским волшебникам запрещено вступать в брак или даже встречаться с немагами. Ньют берет Якоба внутрь своего волшебного чемодана, где Якоб встречает многочисленных фантастических существ, а также обскура — тёмного, разрушительного паразита, который развивается у детей-магов, если они подавляют свои магические способности. Ньют извлёк его из умершей девочки — те, кто страдает от обскура, редко доживают до десяти лет. Ньют уговаривает Якоба помочь найти пропавших существ. Пока они перемещаются по Нью-Йорку, ловя фантастических тварей, Генри Шоу выступает на предвыборном митинге — и его убивает обскур. Ньют и Якоб успешно ловят двух питомцев Ньюта, но сами попадают в ловушку Тины, которая прямо в чемодане Ньюта приносит обоих в МАКУСА главе Департамента магической безопасности Персивалю Грейвсу. Грейвс обвиняет Ньюта в убийстве Генри Шоу одним из сбежавших от Ньюта существ и в сговоре с печально известным тёмным волшебником Геллертом Грин-де-Вальдом (который считался самым сильным и опасным до прихода Волан-де-Морта), а Тину — в пособничестве Ньюту, и осуждает Ньюта и Тину на смерть, а Якоба — на стирание памяти. Сперва маги исполняют смертный приговор Тине — для начала подчиняя её сознание, при этом в видениях Тины появляется Мэри Лу и её приёмный сын Криденс: именно его Тина пыталась защитить от жестокой матери. Тем временем лукотрус Пикетт, небольшое сказочное существо, крайне преданное Ньюту, освобождает его, а Ньют успевает спасти Тину. Одновременно Куини спасает Якоба и чемодан Ньюта. Воссоединившись, все четверо продолжают разыскивать разбежавшихся из чемодана фантастических тварей: для поимки последней из них им приходится прибегнуть к помощи гоблина-гангстера Гнарлака, старого информатора Тины, встречающегося с ними в подпольном баре для волшебников.

Между тем Персиваль Грейвс приходит к Криденсу Бэрбоуну и предлагает освободить его от власти матери и ввести в круг волшебников. Для этого Криденс должен найти среди многочисленных бедных детей, которым Мэри Лу раздаёт еду взамен на распространение её листовок против ведьм и волшебников, девочку-волшебницу. Криденс находит палочку — по его мнению, волшебную — под кроватью своей сестры Модести. Мэри Лу предполагает, что это палочка Криденса, но Модести утверждает, что палочка игрушечная и принадлежит ей. Когда Мэри Лу собирается наказать её, вновь появляется обскур и убивает Мэри Лу. Грейвс прибывает на место, уверенный в том, что нужная ему девочка-волшебница, в которой живёт обскур, — это Модести. Полагая, что Криденс больше ему не нужен, он называет юношу сквибом (ребёнком волшебника, не способным к магии), и всячески унижает его. Криденс приходит в ярость — и оказывается, что обскур живёт именно в нём, но магическая сила Криденса настолько велика, что он может его контролировать. Однако именно сейчас он не хочет контролировать себя и, приняв облик обскура, отправляется громить Бродвей.

Ньют и Грейвс преследуют Криденса по следам наносимых им разрушений — Ньют для того, чтобы спасти, а Грейвс для того, чтобы поставить себе на службу. Криденс обнаруживается в туннеле метро возле станции Сити-холл. Грейвс и Ньют сражаются между собой, появляется также Тина, которая пытается успокоить Криденса, поскольку раньше уже защищала его. В этот момент появляются мракоборцы во главе с президентом МАКУСА Серафиной Пикери и убивают Криденса в образе обскура для защиты магического общества (но крошечный фрагмент обскура ускользает). Грейвс обвиняет МАКУСА в том, что правила жизни волшебников выгодны не волшебникам, а не-магам, и отказывается подчиняться. Он сражается с мракоборцами, которым не удаётся одолеть его с помощью волшебных палочек, но Ньют напускает на Грейвса одно из своих волшебных существ — пикирующего злыдня, а затем использует заклинание — и Грейвс обретает свой изначальный облик, оказываясь не кем иным, как Грин-де-Вальдом. Он арестован, волшебники отправляются восстанавливать разрушенный город, а Ньют выпускает птицу-гром, которая поднимает флакон со снадобьем забвения в грозовую тучу: на Нью-Йорк проливается ливень, который стирает все недавние воспоминания жителей города. Куини целует Якоба на прощание, когда дождь стирает его воспоминания; у Якоба остаётся чемодан, заполненный серебряной скорлупой (от яиц одной из фантастических тварей) — этого серебра хватит, чтобы открыть пекарню. Ньют возвращается в Европу, его провожает вновь ставшая мракоборцем Тина — и Ньют обещает ей вернуться и лично подарить свою книгу. В финальных кадрах показана пекарня Якоба: его выпечка сделана в форме различных волшебных существ Ньюта. В пекарню заходит Куини. Их взгляды встречаются.