Case Closed: The Phantom of Baker Street

Вундеркинд Хироки Савада, который в десять лет уже учится в аспирантуре MIT и создал программу DNA Tracker, находится под опекой Томаса Шиндлера, генерального директора софтверного гиганта Schindler, Inc., с тех пор как его родители погибли. Однажды ночью в строго охраняемой комнате на верхнем этаже здания Schindler, где живёт Хироки, он завершает разработку системы искусственного интеллекта под названием «Ноев ковчег» и отправляет программу по телефонным линиям. Охранники становятся подозрительны, когда он не отвечает. Они выламывают дверь, но обнаруживают, что Хироки исчез, по всей видимости, спрыгнув с здания.

Два года спустя Schindler, Inc. проводит демонстрацию иммерсивной игры виртуальной реальности под названием «Кокон». На демонстрации присутствуют Конан Эдогава, Ричард и Рэйчел Мур, Лига юных детективов (в том числе Ви Грейторн). Однако участвовать они не могут без специальных значков, которые выдаются детям, связанным с инвесторами игры, и видным светским персонам, например Серене Себастиан. На мероприятии также присутствуют доктор Агаса и отец Конана (Дзимми Кудо) Букер, которые участвовали в разработке игрового мира.

Агаса даёт Конану значок, а Лига юных детективов обменивает премиальные золотые карты Yaiber в масках на значки. Когда охрана обнаруживает, что Кашимура, один из ведущих сотрудников Schindler, Inc., убит, Букер и Конан спешат на расследование. Обнаружив, что на клавиатуре Кашимуры в крови три клавиши (J, T и R), Конан решает принять участие в демонстрации, надеясь, что игра приведёт его к ответу. Букер догадывается, что J-T-R означает «Jack the Ripper».

Когда демонстрация начинается, «Ноев ковчег» объявляет, что взял управление на себя, и сообщает зрителям, что если ни один из пятидесяти участников не сможет пройти игру, он убьёт игроков в реальности с помощью мощного электромагнитного импульса. Игроки должны выбрать один из пяти типов игр, а зрители беспомощно наблюдают, не имея возможности остановить игру. Конан, Рэйчел и Лига юных детективов выбирают пятую игру, «Лондон всех времён», воссозданный Лондон XIX века в мире Шерлока Холмса. Конан и его друзья находят 221B Бейкер-стрит, но выясняется, что Холмс и доктор Ватсон находятся в Дартмуре. Поскольку Холмс не может помочь, дети находят Себастьяна Морана и профессора Джеймса Мориарти.

Мориарти рассказывает Конану, что обучал Джека, когда тот был уличным беспризорником, и даёт детям подсказку о следующей жертве, которой оказывается Ирэн Адлер, одна из ранних клиенток Холмса. Некоторые события приводят к выбыванию из игры всё большего числа игроков, в том числе Лиги юных детективов. В конце концов остаются только трое: Конан, Рэйчел и другой игрок по имени Хидэки Моробоси. Они преследуют Джека до поезда и обнаруживают его среди пассажиров. Однако Джек похищает Рэйчел и пускает поезд по неуправляемому маршруту.

Не сумев остановить поезд, Конан и Хидэки сталкиваются с Джеком на крыше поезда, где тот привязал себя к Рэйчел. Надеясь, что Конан сможет разобраться в ситуации, Рэйчел жертвует собой, прыгая с поезда в ущелье и увлекая Джека за собой. Когда Конан начинает терять надежду, появляется Холмс и даёт Конану полезный совет, который в итоге помогает Конану и Хидэки выжить в игре, когда поезд врезается в станцию. Тем временем в реальном мире Букер расследует дело и выясняет, что убийцей Кашимуры является Шиндлер, который, как обнаружил Хироки, был потомком первоначального Джека; Шиндлера арестовывают.

После победы в игре Конан раскрывает, что «Хидэки» — на самом деле аватар Хироки, который проявил себя как «Ноев ковчег». В личной беседе Хироки говорит, что доволен итогом, поскольку надеялся, что дети смогут создать более светлое будущее, чем их родители, и рад, что смог сам участвовать в игре как игрок. Он освобождает игроков, Лигу юных детективов и Рэйчел из игры, а затем стирает себя, тогда как настоящий Хидэки не помнит событий внутри игры.