Черепашки-ниндзя

Фильм начинается с того, что Эйприл О’Нил — бесстрашный репортёр 6-го Канала — расследует дело о преступной банде Клане Фут, наводящем ужас на улицы мегаполиса Нью-Йорка. Отправившись в порт, Эйприл становится свидетелем ограбления порта Кланом Фут и того, как их останавливают вигиланты в масках. На месте событий Эйприл находит загадочный символ, оставленный таинственными героями на одном из контейнеров и фотографирует его. В редакции все работники и начальница Эйприл, Бернадетт Томпсон, не воспринимают её всерьёз.

Тем временем, американский учёный Эрик Сакс рассказывает своему лидеру Шреддеру о том, что таинственные герои снова разрушили их планы, и раздражённый лидер Клана Фут приказывает захватить пассажиров станции метро в заложники, чтобы выманить вигилантов. Эйприл направляется туда, чтобы заснять происшествие, но сама попадает в заложники. Внезапно, свет на станции выключается и четыре фигуры обезвреживают клан и освобождают заложников. Эйприл следует за ними на крышу здания и ей удаётся заснять их на телефон, но она теряет сознание, когда перед ней предстают четыре антропоморфных Черепашки. Она приходит в себя и обнаруживает, что фотографии на телефоне были стёрты. Перед тем как её покинуть, Черепашки советуют ей никому не говорить о том, что она видела. Она слышит имена двух Черепашек — Рафаэля (Раф) и Леонардо (Лео).

В то же время, Эрик Сакс публично обещает помочь городу избавиться от Клана Фут. Вернувшись домой, Эйприл вспоминает о проекте своего отца — доктора О’Нила: в 1999 году, он вместе с Саксом работал над созданием мутагена, который учёные использовали на домашних питомцах Эйприл: Черепашках Рафаэле, Леонардо, Микеланджело (Майки) и Донателло (Донни), а также на крысе по имени Сплинтер. В итоге, придя в редакцию, Томпсон, сочтя её сумасшедшей, увольняет её, но Эйприл не сдаётся. Она едет к Эрику, раскрывает Саксу правду о Черепашках, и он рассказывает ей, как они возникли. Эйприл уходит, и он приказывает Клану Фут выследить её мобильный телефон, зная, что она пойдёт в убежище Черепашек. Шреддер лично возглавляет атаку, надев для этого специальную броню-экзоскелет, разработанную Саксом. В логове, Сплинтер открывает Эйприл правду: Эрик и Шреддер хотели распылить по Нью-Йорку токсин, единственным лекарством от которого являлся мутаген. Отец девушки, узнав об этом, уничтожил лабораторию и остатки сыворотки, за что был застрелен Саксом, а маленькая Эйприл спасла своих любимцев из пожара в здании. Вдруг, в логово врывается Клан Фут, Шреддер тяжело ранит в битве Сплинтера и похищает Донни, Майки и Лео. Эйприл и Раф, прихватив Вернона Фенвика — друга Эйприл и оператора 6-го канала, отправляются их спасать.

В лаборатории своего особняка Сакс выкачивает из Черепашек кровь, раскрывает свои планы и выделяет из собранной крови контейнер мутагена. Однако, появляются Эйприл, Вернон и Раф, которые спасают братьев. Сакс и Шреддер улетают в Нью-Йорк, где готовятся к распылению токсина. Черепашки, Эйприл и Вернон также отправляются туда.

В башне Сакс-Тауэр, Эйприл и Вернон вырубают Эрика, а Черепашки вступают в схватку со Шреддером, который благодаря своей броне с лёгкостью их одолевает. Однако, затем Черепашкам удаётся ненадолго отвлечь Шреддера, и Донни отключает распылитель на последней секунде. Шреддер решает взять реванш, выхватив у подоспевшей Эйприл контейнер с мутагеном, но они падают с крыши вместе с башней-распылителем, основание которой разломал Шреддер, впоследствии хватаясь за неё, и после совместных нескольких ударов Черепашек с Эйприл, Шреддер падает с огромной высоты на землю и разбивается вкупе с контейнером, содержимое которого попадает на злодея.

В финале, Черепашки исцеляют Сплинтера, а Эйприл возвращается на работу и решает не открывать миру правду о Черепашках, ставших её друзьями.