Черепашки-ниндзя 2

Спустя год после битвы на вершине Сакс-Тауэр, четверо братьев-черепашек: Леонардо (Лео), Донателло (Донни), Микеланджело (Майки) и Рафаэль (Раф) продолжают жить беззаботной жизнью подростков-ниндзя. Чтобы не раскрывать себя, они договорились о том, что лавры человека, остановившего Эрика Сакса и клан Фут со Шреддером во главе, присвоит себе Вернон Фенвик. Он получает «Ключ от Города» и становится популярной медиа-звездой по кличке «Сокол». Каждого из черепашек-ниндзя тяготит то, что они не могут заявить о себе миру, а Майки даже выходит на поверхность во время парада на Хеллоуин, где его внешность воспринимают как костюм, но его братья быстро возвращают Микеланджело в канализацию. Лео пытается держать каждого из братьев в узде, чувствуя ответственность лидера перед командой.

Тем временем, Эйприл О’Нил, продолжающая работать журналисткой, следит за известным учёным Бакстером Стокманом, ранее работавшим на Сакса и связанным с Кланом Фут. При помощи часов-компьютера, подаренных Донни, она успевает скачать данные из компьютера учёного, и перед тем, как защитная программа успевает их стереть, она читает сообщение о готовящемся побеге выжившего после событий первого фильма Шреддера во время переправки злодея из городской тюрьмы, о чём сообщает черепашкам. Получив благословение от мастера Сплинтера, братья садятся в обновлённую версию Черепашьего Фургона — огромный мусоровоз, полный разнообразных примочек. Шреддер, которого мутаген омолодил и лишил множества шрамов, переправляется в тюрьму в компании двух головорезов, Рокстеди и Бибопа. Боевики Клана Фут уничтожают машины сопровождения и готовятся вскрыть крышу бронемашины, но им мешают подоспевшие черепашки. В последний момент Шреддер сбегает через телепорт, созданный Стокманом при помощи некоего устройства, найденного Кланом Фут много лет назад. Шреддер оказывается на борту Технодрома, межпространственной крепости мозгообразного пришельца по имени Коммандер Крэнг, который использует большое и мощное тело-андроид, управляя им из кабины, которая размещается у андроида в животе. Он говорит, что телепорт Стокмана — часть устройства, которое попало на Землю много лет назад для последующей переправки Технодрома, но раскололось на три части. Крэнг поручает Шреддеру найти оставшиеся две части: в Музее естественной истории Нью-Йорка и в джунглях Бразилии. В помощь пришелец дает контейнер с некой фиолетовой субстанцией-мутагеном, которая поможет создать Шреддеру сверхчеловеческих помощников.

На Шреддера объявлена охота, и к делу подключается Отдел по борьбе с организованной преступностью, возглавляемый комиссаром Ребеккой Винсент. Винсент выслушивает доклад одного из надзирателей, Кейси Джонса, но не верит в рассказы про мусоровоз, выбрасывающий в боевиков мусорные крышки из-под решётки радиатора, отчего Джонс оказывается отстранен от дела. Кейси, мечтавший с детства быть детективом, решается самолично найти Рокстеди и Бибопа, и парочка оказывается достаточно глупа, чтобы сунуться в любимый бар, где бармен успел сделать им фальшивые сотовые телефоны. Головорезы хотят занять нишу, опустевшую после Клана Фут, но тут к ним приходит Шреддер, который отказался брать их в партнёры, но принял их в «посыльные». Явившийся после их ухода Кейси, устроив небольшой погром в баре, получает от бармена GPS-устройство, по которому выходит на научную лабораторию Бакстера Стокмана.

Шреддер, прибыв к учёному, просит его синтезировать сыворотку Крэнга в аналог мутагена О’Нила-Сакса, обманом обещая славу, что Стокман и делает. Шреддер решается испытать её на Рокстеди и Бибопе, как на идеальных «лабораторных крысах». Головорезы быстро начинают мутировать и оказывается, что сыворотка «пробуждает» животное ДНК человека, из-за чего Рокстеди превращается в антропоморфного носорога, а Бибоп в кабана-бородавочника. Всё это происходит на глазах у Эйприл, проникшей в здание за данными с компьютера Стокмана. Она пользуется замешательством новообращенных мутантов и забирает из лаборатории контейнер с инопланетным мутагеном, и за ней тут же отправляются ниндзя Клана Фут. Добежав до переулка, Эйприл надеется, что черепашки окажут поддержку, но вместо них прибывает Кейси, с клюшкой в руках и хоккейной маской на лице. Кейси дает достойную оплеуху ниндзя, но в горячке боя одному ниндзя удается продолжить погоню за Эйприл, а контейнер с мутагеном оказывается в руках подоспевшей полиции. Когда уже Эйприл и Кейси знакомятся в спокойной обстановке, появляются черепашки. Кейси вначале пугается, считая их пришельцами-людоедами, и черепашки с шутками издеваются над ним, но затем воспринимают его за союзника и забирают его и Эйприл в убежище.

Донни смотрит образцы фиолетовой жидкости, и узнает о её свойстве. Он говорит Лео, что вещество способно менять структуру живых существ, таким образом может превратить их в людей, но лидер команды отказывается от этой идеи, а также запрещает говорить об этом остальным. Майки всё видит и решает рассказать Рафаэлю. В это время Шреддер со своими приспешниками находят второй фрагмент портала. Микеланджело говорит Рафу о сыворотке, и тот в гневе идет к Леонардо. В ходе ссоры, Лео оставляет Майки и Рафаэля «на скамье запасных», а сам с Донни отправляется проверить, почему сработала сигнализация в музее. Оставшиеся братья решают добыть ещё мутагена в тайне от Леонардо, для чего им необходимо проникнуть в полицейский участок. Сказав, что на эту миссию их отправил Лео, Рафаэль убеждает Эйприл и Кейси им помочь. В полицейском участке они встречают ниндзя Фут, которые уже забрали мутаген. В ходе погони Рафаэль и Микеланджело вызывают Леонардо и Донателло, вместе они останавливают ниндзя Фут, но раскрывают себя полиции. Полицейские готовятся стрелять в черепашек, но Эйприл и Кейси останавливают полицейских, дают возможность черепашкам убежать с мутагеном, но сами оказываются арестованы.

В это время в Бразилии Бибоп и Рокстеди на танке находят третий фрагмент портала. Черепахи летят за ними, но обнаруживают, что те уже возвращаются. Траектории их самолётов пересекаются, однако самолёт врагов оказывается ниже на 900 метров. Братья спрыгивают на «птичку», где летят Бибоп и Рокстеди, образуется потасовка, в ходе которой самолёт разбивается, а Кабан и Носорог убегают с прибором. Кейси и Эйприл звонят Верну и говорят, чтобы он нашёл в лаборатории Стокмана подлинную запись. Вернон идет туда и находит флэшку, предъявляет её Ребекке, которой после просмотра не остаётся ничего, кроме как отпустить Кейси и Эйприл.

Сразу после освобождения начинается вторжение Крэнга. Черепахи узнают о Технодроме и выходят на поверхность, полицейские соглашаются работать с черепашками, чтобы спасти планету. Бакстер Стокман делает Шреддеру шлем с кислородным респиратором, чтобы он мог находиться на поверхности Технодрома, однако тот предаёт учёного, и телепортируется на Технодром. Но по иронии судьбы Крэнг также предаёт Шреддера, замораживает его и отправляет в свою коллекцию солдат. Черепахи пробираются к Крэнгу и начинают сражаться с ним, пока Донни не находит маяк, по которому собирается Технодром. Братья побеждают Крэнга, и отправляют маяк на дроне, в результате чего, корабль разбирается на детали и летит в указанном направлении. Тем временем в здании, где находится портал, Кейси побеждает Бибопа и Рокстеди, и отключает портал, отправляя пришельца обратно в Измерение X. В конце фильма Братьям Мутантам Ниндзя вручают ключи от города, и те клянутся защищать город.