Pokémon: Lucario and the Mystery of Mew

В далёком прошлом перед Деревом Начала назревает война между покемонами. Покемон Лукарио предупреждает своего хозяина, Стража Ауры сэра Аарона, об опасности, однако, к его изумлению, Аарон, по-видимому, предаёт его, уходя и запечатывая Лукарио в своём посохе. После того как Пиджеот передаёт посох королеве дворца Кэмерон, она становится свидетельницей того, как Дерево Начала начинает ярко сиять, и это также прекращает надвигающийся конфликт.

Более тысячи лет спустя Эш Кетчум и его друзья прибывают во дворец Кэмерон, где проходит фестиваль в честь сэра Аарона. На фестивале Эш, случайно одетый в воссозданный наряд Аарона, участвует в турнире во дворце Кэмерон, побеждает и становится «Стражем Ауры» на этот год. В рамках празднования Эш получает посох Аарона; его «аура», похожая на ауру сэра Аарона, непреднамеренно высвобождает Лукарио из заточения. Освоившись с ситуацией, он рассказывает всем о предательстве Аарона.

Тем временем Пикачу и другие покемоны играются с Мью, который любит бродить вокруг дворца, но на них нападает пара Уивайлов, посланных авантюристом по имени Кидд, который пытается прикрепить к Мью трекер. Пикачу защищает Мью, и тот телепортирует его (а также Мяута из команды Ракета) прочь. Эш и его группа вскоре узнают о случившемся и о том, что Мью перенёс их к Дереву Начала, где он обитает. Кидд соглашается помочь им, и они просят Лукарио стать проводником; тот неохотно соглашается. В ходе путешествия Лукарио выражает отвращение к людям, что приводит к физическому столкновению с Эшем. Макс в итоге дарит Лукарио плитку шоколада, которая ему нравится и помогает начать доверять людям. По пути они встречают «временные цветы», растущие в этой местности, которые способны показывать видения прошлого. Одно из них показывает битву и предательство Аарона. Эш в конце концов завоёвывает доверие Лукарио, извинившись за свои обидные слова. Когда они входят в Дерево Начала, на них нападают Регирок, Регайс и Регистил — стражи дерева, которые считают их угрозой.

Они входят в дерево и подвергаются атаке защитной системы дерева, механизмов типа «антитела», которые активируются роботами-разведчиками Кидда. Эш поначалу воссоединяется с Пикачу, но антитела одолевают всех и поглощают их в дерево. После того как Пикачу умоляет Мью, тот спасает их, убеждая защитный механизм дерева. Однако нарушение потока энергии в дереве из-за защитной системы вводит дерево в шок, и поскольку Мью и дерево — симбиотические существа, которые зависят друг от друга в выживании, Мью также тяжело заболевает. Добравшись до сердца дерева, Эш, Кидд и Лукарио видят видение Аарона, показанное временным цветком; оно раскрывает, что он на самом деле пожертвовал собой, вложив свою ауру в дерево, чтобы остановить войну. После этого видения Лукарио и Эш объединяют свою ауру, чтобы обратить саморазрушение дерева вспять и спасти Мью, но Лукарио отталкивает Эша в момент завершения процесса, чтобы спасти его.

После восстановления дерева измотанный Лукарио натыкается на последний временной цветок. В видении он видит умирающего Аарона и узнаёт, что его хозяин запечатал его, чтобы тот тоже не погиб. Аарон благодарит Лукарио за дружбу. Тронутый последними словами Аарона, Лукарио мирно уходит из жизни. Когда Кидд и Эш воссоединяются со своей командой, Кидд решает сохранить своё открытие в тайне, а Эш клянётся хранить память о Лукарио.